Cinco razas de ganado bovino (Bos taurus) del tropico alto de Narino fueron caracterizadas usando once loci microsatelites. Se incluyeron las razas Holstein, Jersey, Normando, Pardo suizo y el ganado Criollo. Las frecuencias alelicas fueron calculadas y usadas para la caracterizacion de las razas y el estudio de sus relaciones geneticas. La diversidad genetica reflejada en el numero de alelos por locus (NPA= 10) y la heterocigosidad observada (Ho= 0.7) fue alta, siendo mayor para la raza Criolla. El AMOVA, evidencio una baja diferenciacion genetica (FST=0.0663) para la poblacion total, con una pequena diferenciacion entre Criollo y Holstein (0.006), resultado que fue correspondiente con el analisis de agrupamiento bayesiano, que permitio determinar un grado de absorcion del nucleo Criollo del 56% por la raza Holstein. La alta diversidad, supone procesos de adaptacion a diferentes ambientes y mezcla de razas, facilitando un continuo flujo genetico. Esto puede explicarse por la realizacion de cruces dirigidos al incremento del volumen de produccion teniendo como base la raza Holstein, donde la seleccion intensiva puede conllevar al detrimento de la pureza del ganado criollo e incidir en su capacidad adaptativa.