En las epocas humeda y seca de 1999 se estudio la dinamica temporal de las variables fisicas, quimicas y biologicas del lago Santander. Los datos fueron obtenidos quincenalmente en la zona fotica de una estacion de muestreo del lago. Para cada variable fisica se calcularon los valores minimo y maximo, la media aritmetica y el coeficiente de variacion. Solo la turbiedad y el porcentaje de saturacion de oxigeno presentaron valores altos en el periodo humedo. En este mismo periodo, el comportamiento temporal de las variables fue mas dinamico, excepto para los perfiles termicos en los que se observa una marcada y mas constante estratificacion en el periodo seco. En lo referente a la estructura de la comunidad, las Euglenophyta fueron el grupo clave en el periodo seco, mientras las Chlorophyta lo fueron en el periodo humedo. La diversidad estuvo mayormente explicada por la dominancia y la equidad en ambos periodos debido al cambio en las concentraciones de los nutrientes nitrogeno y fosforo y en especial el amonio. La dinamica comunitaria fue independiente de las condiciones del lago en uno u otro periodo y posiblemente fue causada por la influencia de la pluviosidad en la condicion trofica del cuerpo de agua.