El desarrollo de mecanismos de prevencion y control frente a los microorganismos nosocomiales son esfuerzos importantes para desarrollar en los hospitales tanto humanos como veterinarios. Entre las estrategias encaminadas a reducir la flora microbiana patogena y la resistencia a multiples farmacos en los hospitales, se encuentran la reduccion de la diseminacion de microorganismos por parte del personal a los animales, evitar la adquisicion de microorganismos de equipos hospitalarios y de infraestructura, la realizacion de programas permanentes de limpieza, desinfeccion y esterilizacion y un uso racional de los antimicrobianos. El presente articulo describe los principios fundamentales del control microbiologico hospitalario, basado en el contexto medico veterinario en Colombia.