El presente trabajo fundamenta a partir de una metodologia de estudio de casos una propuesta conceptual que permite determinar que el Conocimiento Pedagogico del Contenido esta en la capacidad de caracterizar al profesor indigena como elemento transformador y constructor de realidades plurales que puedan ser percibidas por sus alumnos en la ensenanza de las ciencias. El trabajo adicionalmente muestra el abordaje sobre tres retos presentes para la investigacion en el campo de la educacion con grupos indigenas como son: en primer lugar, las dificultades para obtener la informacion propia de la investigacion, en segundo lugar el papel del maestro indigena en la escuela de estas comunidades diferenciadas etnicamente, el cual ha venido sufriendo variaciones como consecuencia de los cambios en las competencias para la incorporacion del nino indigena a la sociedad occidental y en tercer lugar entender que la categoria profesor indigena no es unica, en el sentido que hay unos elementos externos que la moldean y caracterizan dando forma a individuos que pueden en menor o mayor forma establecer lazos de union entre los conocimientos propios de la cultura y los conocimientos escolares para la ensenanza de las ciencias.