Las poblaciones nativas de cacao Theobroma cacao L., son valoradas en mercados internacionales por sus caracteristicas organolepticas propias de los cacaos de alta calidad. Sin embargo, esta calidad esta amenazada por hibridos mas productivos provenientes de material genetico foraneo que gradualmente han ido reemplazando las poblaciones nativas. La diversidad y estructura genetica de 165 materiales de cacao provenientes de la region de Tumaco y los bancos de germoplasma de Corpoica y Fedecacao fue evaluada mediante el analisis de doce loci ubicados por marcadores microsatelites. Los datos se procesaron mediante los programas: Arlequin ver. 3.5 y TFPGA ver. 1.3. Los marcadores fueron altamente discriminantes, informativos y representativos para la especie. Los promedios de heterocigosidad esperada (He) y observada (Ho) fueron 0,73 y 0,72, respectivamente, indicando alta variabilidad genetica y alta tasa de heterocigotos en las tres poblaciones analizadas. El valor del indice de fijacion FST= 0,0355 senala minimos niveles de diferenciacion genetica entre las poblaciones y el promedio Nm = 6,80 indica que existe un elevado intercambio de genes. El analisis del cluster jerarquico utilizando agrupamiento UPGMA permitio confirmar la similitud genetica existente entre las poblaciones.