Introduccion: Pseudomonas aeruginosa y Staphylococcus aureus, son los patogenos mas comunmente aislados de lentes de contacto blandos, ocasionando blefaritis, conjuntivitis y queratitis; el diagnostico tardio de la infeccion puede producir perdida corneal en 24 horas. Es importante buscar nuevos mecanismos para detectar la infeccion en el menor tiempo y utilizar el antibiotico indicado. Metodos: los aislamientos de P. aeruginosa y S. aureus, se obtendran a partir de lentes de contacto, estuches, soluciones de mantenimiento y secreciones oculares. El tamano de la muestra se lograra a conveniencia, de acuerdo con el numero de pacientes de lentes de contacto blandos, atendidos en la Fundacion Universitaria el Area Andina, (seccional Pereira) en un periodo de doce meses. Las variables independientes seran: la tecnica de reaccion en cadena de la polimerasa (PCR) y los metodos tradicionales (siembra en agar, pruebas confirmativas y antibiograma). Para la recoleccion de los datos se empleara como instrumentos, la anamnesis de presencia de signos y sintomas, y un formato de registro de analisis de datos. Se firmara un consentimiento informado para la participacion voluntaria en el estudio. Resultados: definir si los metodos moleculares son mas eficientes que los metodos tradicionales, y conocer la frecuencia de aparicion de estos microorganismos en usuarios de lentes de contacto blandos. Abstract Comparison for conventional methods and (pcr) for the identification gives p. aeruginosa and s. aureus; his resistance to ciprofloxacina and meticilina in users of soft(smooth) contact lenses Introduction: Pseudomonas aeruginosa and Staphylococcus aureus, are the most common isolated pathogens from soft contact lenses, causing blepharitis, conjunctivitis y keratitis, delay infection diagnosis, could lead to corneal loss in 24 hours. It is important to search for new mechanisms for the early detection of the infection in order to use the right antibiotic treatment. Methods: isolates of P. aeruginosa and S. aureus, will be obtained from contact lenses, cases, conservation solutions and eye secretions. Sample size will be obtained by convenience, according to the number of soft contact lenses users attended at the Fundacion Universitaria del Area Andina over a period of twelve months, the independent variables will be the polymerase chain reaction and the conventional methods (culture plate agar, confirmative test and antibiogram), to determine the presence, antibiotic resistence and to decrease identification time of P. aeruginosa and S. aureus. Instruments will be used for data collection, anamnesis of the presence of signs and symptoms and informed consent for participation in the study. Results: define if molecular methods are more efficient than traditional for isolation of P. aeruginosa and S. aureus and to know the frequency of those microorganisms in contact lens wearers. Keywords: pseudomonas aeruginosa, Staphyloccocus aureus, contact lenses, keratitis, conventional methods, PCR.