Con el advenimiento de las pruebas moleculares de acidos nucleicos (NAAT) a partir de 1998 para el virus de la hepatitis C (HCV), y posteriormente para el virus de la hepatitis B (HBV) y el virus de la inmunodeficiencia humana (HIV), se ha incrementado la seguridad relativa de la sangre comparada con las pruebas serologicas, y por tanto se ha reducido el periodo de ventana inmunologica. Estas pruebas se consideran obligatorias en Estados Unidos y en otros paises del mundo. Objetivo: describir la experiencia del montaje de NAAT para HIV, HCV y HBV, detectar las dificultades y aplicar las medidas correctivas necesarias para mejorar la calidad de la sangre en Colombia. Metodologia: estudio prospectivo en donantes de sangre de Antioquia para evaluar las pruebas NAAT como metodo de tamizacion. Resultados: se estudiaron un total de 4.890 donantes y se realizaron 14.670 pruebas en 208 mezclas de plasmas. La edad promedio de los 4.890 donantes fue de 33 anos (SD ±10,93), 2.667 (54,5%) fueron hombres. No se encontraron unidades de sangre positivas por NAAT para HIV, HCV y HBV. Conclusiones: implementar las pruebas de NAAT en nuestro pais requiere de alto volumen de muestras para lograr oportunidad, eficiencia y eficacia en el proceso. La corta vida y la urgencia con que se requieren las plaquetas exigen un montaje continuo de pruebas. El montaje necesita personal especializado y capacitado para sortear los diferentes inconvenientes que se presentan y contar con un laboratorio para realizar diagnostico molecular que cumpla con las normas internacionales