Leptospirosis es una enfermedad zoonotica endemica de potencial epidemico que afecta la salud publica y la produccion pecuaria alrededor del mundo. Su agente etiologico es una espiroqueta del genero Leptospira , con 20 especies reportadas hasta el momento, son las mas importantes Leptospira interrogans (patogena) y Leptospirabiflexa (saprofita). Esta bacteria se transmite mediante contacto directo o indirecto en especial con orinade animales infectados, es la transmision por medio del agua una de las mas importantes. En cuanto al diagnostico se ha evidenciado que diversas pruebas moleculares tienen una alta especificidad y sensibilidad; sin embargo, el conocimiento de la epidemiologia de la leptospirosis se ha basado principalmente en estudios serologicos que han utilizado la prueba de aglutinacion microscopica que presenta debilidades en sus resultados e interpretacion. El objetivo del presente articulo es presentar una revision actualizada sobre la utilidad de las herramientas moleculares para la identificacion de Leptospira spp. en muestras humanas, animales y ambientales. Se llevo a cabo una busqueda de literaturaen diferentes bases de datos como Pubmed, Science Direct, SciELO, Scopus y Redalyc.Las publicaciones encontradas fueron articulos originales y de revision, entre otros, publicados entre 1965 y 2014. Se determino que las herramientas moleculares permiten una identificacion directa, rapida, definitivay precisa del agente etiologico, apoyan el diagnostico, aportan al conocimiento real de laprevalencia e incidencia de la enfermedad. Las herramientas moleculares permiten la identificacion de nuevas especies a partir de aislamientos obtenidos de diversas fuentes y ayudan a orientar los programas de prevencion y control de esta zoonosis.