Se recolectaron 25 accesiones de tomate tipo “chonto” provenientes de los departamentos del Cauca, Valle del Cauca, los del Eje Cafetero, Antioquia, Huila y Santander. Los coeficientes de variacion de los descriptores cuantitativos fluctuaron entre 4.58 y 82.34%, indicando que el potencial genetico disponible para los programas de mejoramiento depende del caracter que se pretenda mejorar. El analisis de clasificacion con los descriptores cuantitativos y cualitativos permitio la conformacion de tres grupos, en los cuales la procedencia comun de las accesiones fue la causa probable de la clasificacion obtenida. Se estandarizaron los protocolos para la amplificacion de seis marcadores tipo microsatelites, tres de los cuales resultaron polimorficos. Sin embargo, debido al numero bajo de alelos polimorficos no fue posible obtener un estimativo de la diversidad genetica.