Longitudinal variations in physical-chemical characteristics of headwaters streams can have predictable effects on habitat and benthic community structure. The objective of this study was to investigate the influence of spatial variation in river channel characteristics and habitat structure on the abundance and community structure of shrimps and crabs in headwaters streams of Rio Jau. Collections and measurements for the characterization of crustacean community structure, habitat structure and channel characteristics were made in 34 headwater streams during the period of November - December of 1998. Crustaceans were captured with traps and hand nets along standard two meander sample reaches. Data on benthic habita t structure and stream morphology were collected along ten equally spaced lateral transects. A total of nine species from three families were collected. Significant relationships were obtained between % sand and % leaf cover on stream bottoms and the number and biomass of shrimps and crabs, independent of stream size. Channel size explained a significant part of the variability in decapods community structure among streams. When streams are degraded and habitats are lost, many species restricted to those habitats may disappear and the trophic structure of crustacean communities could change. Brasil. Mudancas longitudinais nas caracteristicas fisicas e quimicas de igarapes de cabeceira podem ter efeitos previsiveis na estrutura dos habitats e das comunidades bentonicos. O objetivo desse estudo foi de investigar a influencia da variacao nos caracteristicas fisico-quimicas do canal e estrutura de habitas sobre os camaroes e caranguejos em igarapes de cabeceira da bacia do rio Jau. Coletas e medidas para caracterizar a estrutura da comunidade de crustaceos, estrutura dos habitats e caracteristicas do canal foram feitas em 34 igarapes de cabeceira durante os meses de novembro e dezembro de 1998. As capturas foram realizadas com covos e rapiche ao longo de dois meandros completos por igarape. Informacoes sobre os habitats de fundo e as caracteristicas fisicas do canal foram obtidas ao longo de dez transectos. Um total de nove especies de crustaceos de tres familias foram coletadas. Foram encontradas relacoes significativas entre os habitats de fundo de areia e de folha e a abundância (numero de individuos e biomassa) de crustaceos decapodes. Mudancas no tamanho do rio tambem explicaram a variacao na estrutura dessas comunidades entre igarapes de cabeceira. Quando igarapes sao degradados e os habitats alterados, muitas especies restritas a determinados locais poderiam desaparecer e a estrutura trofica da comunidade poderia ser alterada.