Introduccion: el diagnostico temprano de hipotiroidismo subclinico y el hallazgo de anticuerpos antitiroideos son de gran valor para el estudio de las enfermedades tiroideas. Objetivos: determinar la prevalencia de anticuerpos antitiroideos en hombres y mujeres jovenes con hipotiroidismo subclinico y clinico, y comparar su frecuencia entre ambos sexos. Materiales y metodos: se estudiaron 280 estudiantes de la Universidad Antonio Narino, en la ciudad de Bogota, entre los 18 y 30 anos. A los participantes en el estudio se les realizo TSH y T4 libre por quimioluminiscencia para la identificacion de casos de hipotiroidismo subclinico y clinico. A todos los individuos con alteraciones en las pruebas de funcion tiroidea se les realizaron anticuerpos antitiroideos antiperoxidasa y antitiroglobulina por microelisa. Resultados: se encontro una alta prevalencia de anticuerpos antitiroideos antiperoxidasa y antitiroglobulina en los jovenes que presentaron hipotiroidismo, y una prevalencia de hipotiroidismo en jovenes de 4,64%, sin encontrarse diferencias estadisticamente significativas entre hombres y mujeres. Conclusion: existe en la poblacion de jovenes estudiados con hipotiroidismo subclinico una alta prevalencia de anticuerpos que sugeririan causa autoinmune en nuestra poblacion universitaria. Se deben realizar ensayos clinicos adicionales que permitan investigar otras posibles causas de hipotiroidismo como postinfecciosas, toxicas y medioambientales, asi mismo una posible asociacion de esta patologia con otras condiciones autoinmunes