Esta investigacion propone una nueva metodologia, generando no solo nuevos modelos conceptuales si no tambien una nueva herramienta informatica para la toma de decisiones en proyectos de agua y saneamiento en comunidades indigenas. Especificamente se incorporan herramientas tales como: arboles de decision, opiniones difusas y encapsulamiento de conocimiento experto. La metodologia incluye ademas del diseno conceptual del modelo a desarrollar, encuestas e investigacion de campo y la programacion del aplicativo para generar la herramienta senalada anteriormente. Esta metodologia se valida para el caso de estudio del resguardo indigena de Nazareth en el Trapecio Amazonico Colombiano. Para el caso de estudio se encontro que el mejor sistema para el tratamiento de agua potable es filtro de vela con 84%; para el tratamiento de agua residual letrina actual conectada a red de alcantarillado y humedal artificial con 70%, y para el manejo de residuos solidos relleno sanitario manual individual con separacion de la fraccion organica para compostarla con 78% de consenso entre los expertos. La herramienta informatica desarrollada contribuye a mejorar la toma de decisiones y en general el proceso de seleccion de alternativas de tratamiento, en donde resulta fundamental incluir no solo variables tecnicas, sino tambien economicas, sociales y psicologicas.