Hasta hace muy poco, la energia hidroelectrica comparada con las energias termicas era considerada como una energia limpia desde el punto de vista de los gases de efecto invernadero (GEI). Ahora, la construccion y la explotacion de sistemas de embalses se enmarcan en el contexto de una importante modificacion de uso del suelo a causa de una actividad que es basicamente antropica. En efecto, las barreras de estos sistemas modifican la distribucion de los ecosistemas al transformar un ecosistema fluvial y terrestre en uno acuatico lacustre. Los flujos resultantes de los GEI, como el dioxido de carbono (CO2) y el metano (CH4), entre las superficies continentales, las aguas continentales y la atmosfera son completamente modificados: se suprime la absorcion de CO2 por la vegetacion continental (deforestacion y muerte de arboles ahogados, eliminacion de la vegetacion del fondo del reservorio), la materia organica (M.O.) presente en los suelos ahogados es mineralizada siguiendo nuevas dinamicas (por ejemplo, mineralizacion anaerobia) generando GEI que son emitidos hacia la atmosfera y, finalmente, la M.O. particular que es transportada por los rios desde los continentes hacia los oceanos es atrapada por las barreras de los embalses. A lo largo de la ultima decada, las retenciones de estos sistemas han sido identificados como fuentes de CO2 y CH4 para la atmosfera, bien sea en zona boreal, intermedia o tropical (Abril et al., 2005 y Tremblay y Bastien, 2009). A escala global, los embalses contribuyen entre un 4% y 12% de emisiones de origen antropico de CO2 y CH4 respectivamente. Un 90% de estas emisiones de CH4 tendrian lugar en la region tropical (Lima et al., 2008). Estas estimaciones estan basadas en un numero limitado de datos adquiridos unicamente en embalses y represas tropicales de America del Sur, asi como una estimacion de superficies inundadas poco precisas (Downing et al., 2006). Diferentes estudios liderados por el Instituto de Investigacion para el Desarrollo de Francia – IRD y la Universidad Nacional de Colombia sede Palmira han propuesto el analisis de las fuentes de carbono, asi como los procesos fisicos y biologicos que estan al origen de las emisiones de GEI sobre diferentes sistemas de embalses de la zona tropical en Colombia. Nuestras experiencias en este dominio de la ciencia nos han permitido desarrollar y adaptar cada uno de los aspectos metodologicos que deben ser tenidos en cuenta para la cuantificacion de emisiones de GEI con origen en estos tipos de ecosistemas y que ahora presentamos de manera sintetizada en este documento.