Con la estrategia ORESTES (Open Reading Frame Expressed Sequences Tags), se pretende a diferencia de las ESTs ( Expressed sequences tags) convencionales la obtencion de secuencias de la porcion central del transcrito, por lo cual fue utilizada en este trabajo para la obtencion de 71 secuencias a partir de una linea linfoblastoide de un paciente con sindrome de Down. Por medio del analisis bioinformatico se definieron cuatro clusters como muestra para realizar BLAST local, tres estaban conformadas por secuencias No-Match, es decir sin homologia en las bases de datos de transcritos descritos, pero que corresponden a cDNA de cromosomas 15, 9 y Y, el cuarto corresponde a un EST reportado en 2001 ubicado en el cromosoma 6, obtenido a partir de cartilago osteartritico (version Genoma Humano de Marzo 2006.36.2), datos que permiten suponer una relacion funcional entre las regiones y el Sindrome de Down. OBJETIVO GENERAL: obtener Secuencias ORESTES a partir de una linea linfoblastoide de un paciente con Sindrome de Down y reportarlas en las Bases de Datos NCBI (ESTs-GEN BANK).18 OBJETIVOS ESPECIFICOS: adaptar la estrategia ORESTES para obtencion de secuencias a partir de una linea linfoblastoide de un paciente con Sindrome de Down. Identificar los transcritos por medio de la utilizacion del algoritmo bioinformatico BLAST de las bases de datos publicas. MATE RIALES Y METODOS: se extrajo sangre periferica de un paciente con sindrome de Down por trisomia universal, del Servicio de Consulta externa del Instituto de Genetica de la UNAL firmando consentimiento informado y se obtuvo una linea linfoblastoide por transformacion EBV. PROCEDIMIENTOS: aislamiento ARNm POLY(A)- produccion de ADNc. Amplificacion PCR ORESTES. Ligacion producto de amplificacion: transformacion de bacterias e.coli, extraccion de ADN. Secuenciacion de plasmidos y analisis bioinformatico: limpieza de las secuencias, seleccion y alineamiento multiples. BLAST y caracterizacion de las regiones en bases de datos NCBI. Las condiciones y herramientas especificas de cada procedimiento, deben ser expuestas de manera mas extensa. RESULTAD OS Y CONCLUSIONES: los datos obtenidos pueden sugerir una relacion funcional entre las secuencias obtenidas y regiones descritas asi: Cromosoma 15, Sindromes Prader Willi y Angelman, comparten caracteristicas fenotipicas con el Sindrome de Down. Cromosoma Y, infertilidad en varones con Trisomia 21. Cromosoma 6,Cartilago Osteoartritico, , alteraciones osteoartriticas del Sindrome de Down. Cromosoma 9: Genes relacionados con Leucemias, no hay relacion aparente. Como conclusion de este trabajo, la utilizacion de la estrategia ORESTES en una linea linfoblastoide con trisomia 21, permitio obtener secuencias que pudieron ser relacionadas con la patogenesis del Sindrome de Down tal como fue propuesto inicialmente. BIBLIOGRAFIA 1. Venter JC and cols, (2001) Science, 16; 291(5507):1304-51. Science 5;292(5523):1838. 2. Dias Neto, E., Neto Ed, Dias-Neto, E, Diasneto E ;Harrop, R. ; Correaoliveira, R. ; Wilson, R. A. ; Pena, S. D. ; Simpson, A.(1997). Gene, 186, 135-142. 3. National Center for Biotechnology Information. Merck gene Index Project and Cancer Genome Anatomy Project. www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST , 4. Dias Neto, E and cols (2000).Proc.Natl. Acad. Sci USA 97, 3491-3496. 5. Dias Neto, E and cols(2001). Proccedings of the National Academies of Sciences (USA), Estados Unidos,. 97.12103-12108. 6. OMIM. Online Mendelian Inheritance in Man. Johns Hopkins University. 2007 www.ncbi.nlm.nih.gov. 7. Hattori, M., (2000).Nature. 18;405(6784):311-9. Nature 2000 Sep 7;407(6800):110. 8. PUBMED. National Library of Medicine- National Institutes of Health. 2007 www.ncbi.nlm.nih.gov, www. pubmed.gov 9. Protocolos de Produccion de Perfil.Instituto Ludwig. Sao Paulo. Brasil.2001.
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Down syndrome and intellectual disability research
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