Dentro de las actividades para el control de calidad en el laboratorio, los resultados finales de un analito en particular son considerados productos intermedios, dada la pertinencia otorgada al aseguramiento de la calidad como fin ultimo de los programas de gestion de la calidad. Esta concepcion precisa el establecimiento de instrumentos integrales para la deteccion de eventos como la contaminacion cruzada y la adopcion de medidas para evitar que se afecte la marcha analitica. Objetivo: el objetivo principal fue establecer un sistema para el monitoreo y control de la contaminacion cruzada en el laboratorio de analisis microbiologico de alimentos. Materiales y metodos: la metodologia empleada consistio en desarrollar diagramas de flujo para los procedimientos sobre el control de las poblaciones de mesofilos aerobios y mohos provenientes de la contaminacion en los ambientes, superficies, material esteril y medios de cultivos. Dichos diagramas incluyeron un arbol de decisiones, disenado para efectuar acciones de control con base en los intervalos de tolerancia, establecidos como herramienta objetiva hacia la toma de decisiones que normalicen los recuentos de las poblaciones microbianas en cuestion. Resultados: los limites de alerta mas estrictos se obtuvieron para las poblaciones de mesofilos aerobios y mohos en los diferentes controles, excepto para el ambiente del area de preparacion de medios y los correspondientes al material esteril. Conclusion: el proceso desarrollado permitio complementar el sistema de control de calidad interno en el laboratorio, al disponer de un medio objetivo para el cierre de no conformidades por contaminacion cruzada.