Los microorganismos entericos han sido frecuentemente reportados como patogenos en mamiferos, aves, peces, reptiles y humanos, a pesar de hacer parte de su flora normal intestinal. La Estacion de Biologia Tropical Roberto Franco (EBTRF), lidera el programa de recuperacion del Caiman Llanero (Crocodylus intermedius), que se encuentra en inminente peligro de extincion; adicionalmente cuenta con una coleccion viva de Testudines que comprende mas de 20 especies. Con el fin de determinar la presencia de potenciales enteropatogenos en el habitat de los ejemplares, se obtuvieron 129 muestras ambientales y cloacales de las especies alli encontradas; se utilizo el medio de cultivo CHROMagar OrientacionBD® para realizar los aislamientos y la identificacion microbiologica. Los resultados muestran una mayor presentacion de flora gram negativa predominando microorganismos de los generos Escherichia coli (28%), Klebsiella sp (26%), Salmonella sp. (6%), Proteus sp (3%) y Citrobacter sp. (1%) Sin embargo, microorganismos del genero Enterococcus sp. (gram positivo), fueron hallados en un mayor porcentaje (31%) en todas las muestras sin importar el origen de las mismas. Conscientes del riesgo que implica el aislamiento de microorganismos entericos que pueden presentar un caracter zoonotico, se dio inicio a la implementacion de un manual de bioseguridad para la Estacion con el fin disminuir el riesgo para la poblacion humana y animal.