Se trabajo con espectroscopia infrarroja transformada de Fourier (FT-IR) para diferenciar diez especies de micobacterias. Mycobacterium intracelullare y M. fortuitum (ATCC), M. flavensces , M. smegmatis , M. chelone , M. gordonae , M. triviale , M. vaccae , M. terrae y M. nonchromogenicum (IP). Como control de diferenciacion de genero se incluyo Staphylococcus aureus , Streptococcus viridans y Streptococcus pyogenes , Klebsiella pneumoniae y Escherichia coli , cada especie se corrio por triplicado en KBr y ATR. Los espectros se analizaron segun el metodo de diferenciacion de componentes principales, y se realizaron derivadas de primer orden (D1) en modalidad de transmision usando la pastilla de KBr y la base ATR, ademas se diseno una biblioteca espectral con la primera derivada de ATR. La sensibilidad de deteccion fue de 100% al trabajar con KBr y el nivel de diferenciacion fue de 100% en tres de cuatro muestras problema.