Introduccion: El Helicobacter pylori es un bacilo gramnegativo que infecta la mucosa gastrica de mas de la mitad de la poblacion mundial; causa gastritis, enfermedad ulcero-peptica, y se asocia tanto con carcinoma gastrico como con linfoma gastrico (MALT). Objetivo: Comparar el indice de desempeno de los metodos de diagnostico de rutina y la PCR para establecer por definicion de caso la prevalencia de infeccion por H. pylori en pacientes con enfermedad acido-peptica en Quindio. Metodologia: A 73 pacientes se les tomaron seis biopsias de cada uno, una antral para la PCR-ureC, tres para cultivo (antral, cuerpo y fondo gastricos), otra antral para prueba rapida de ureasa (PRU) y esta junto con una del cuerpo para el examen histologico. Se determino el indice de desempeno de cada uno de los metodos. Para el diagnostico decisivo de la infeccion se considero como definicion de caso (H. pylori positivo) el cultivo positivo o la concordancia de por lo menos dos metodos de diagnosticos positivos (examen histologico, PRU y PCR). Resultados: El examen histologico del antro fue positivo en 79.5% (58/73) y en cuerpo 82.2% (60/73); la combinacion de los resultados de las dos biopsias del estudio histologico fue 94.5% (69/73). Los cultivos de las tres biopsias mostraron identico resultado en 75.4% (55/73); la combinacion de los resultados del cultivo en las tres biopsias fue 86.3% (63/73). La PRU en biopsia antral fue positiva en 79.5% (58/73) y la PCR-ureC de biopsia antral fue 86.3% (63/73). De acuerdo con la definicion de caso la prevalencia de la infeccion por H. pylori fue 97.3 % (71/73). Al comparar los resultados de cada metodo frente al obtenido por definicion de caso, el examen histologico, el cultivo, la PCR y PRU presentaron 2, 8, 8, y 13 falsos negativos, respectivamente, pero no hubo falsos positivos. Los indices de desempeno (ID) para cada metodo fueron: Cultivo: ID, 78.1% y 88.7% de sensibilidad, resultado identic