La mineria ilegal en Colombia se ha constituido como uno de los delitos de menores novedades en el sistema judicial del pais.Dentro de su dinamica de expansion en las regiones de Colombia, la mineria es una de las actividades que mas impactos adversos genera no solo en el medio ambiente, sino tambien en la integridad de las comunidades etnicas, cuando esta es desarrollada de manera ilegal en sus territorios. En este articulo se realiza un estudio sobre las bases juridicasy tipos penales de la mineria ilegal en el marco normativo ambiental y penal de Colombia, tomando como caso central las investigaciones penales y administrativas adelantas por mineria ilegal en la region de San Juan del Departamento del Choco durante los anos 2005 a 2011. La efectividad del aposento juridico de la actividad minera cuando se desarrolla sin el cumplimiento de los requisitos de ley, por un lado esta supeditada a la poca capacidad tecnica y de control administrativo y judicial de las autoridades ambientales de las regiones.Y por otro lado, el sistema judicial del pais, como en el caso del departamento del Choco, no esta familiarizado con este tipo penal, afectando las garantias constitucionales de las comunidades que habitan en los territorios, y de la preservacion y conservacion del medio ambiente.