En el presente estudio se identificaron proteinas de expresion constitutiva, como vimentina, actina, tubulina, proteina de choque termico de 60 kDa, peroxirredoxina y la ATP sintasa mitocondrial, en cultivos primarios de tiroides normales y de carcinoma papilar de tiroides. Se establecieron las condiciones de extraccion, solubilizacion, analisis cuantitativo y cualitativo de dichas proteinas, y se buscaron las mejores condiciones de isoelectroenfoque (IEF) en la electroforesis en dos dimensiones (2D). En la extraccion y solubilizacion de las proteinas se evaluo la presencia o ausencia de anfolitos y sales, se obtuvo un mejor resultado empleando en el amortiguador de extraccion sales como Tris-HCl y acetato de magnesio que incrementan la solubilidad de las proteinas. Para la cuantificacion se recomienda el uso conjunto de tecnicas colorimetricas con la electroforesis SDS-PAGE tinendo con azul de Coomassie y corroborando los resultados mediante western blot, lo cual permite, ademas, verificar la integridad de las proteinas. Respecto a la electroforesis en dos dimensiones, se obtuvieron geles con un mayor numero de manchas (spots), resueltos, enfocados y reproducibles empleando en el IEF gradientes inmovilizados de pH de 4-7 y voltaje final de 8.000 V. Las proteinas se identificaron mediante el analisis bioinformatico de los geles 2D con el programa PDQuest (PDQuest 7.2, Bio-Rad®) y MALDI-TOF.