Se monitoreo la calidad del agua utilizando como indicador los coliformes fecales y totales en la bahia de Santa Marta. El grado de contaminacion fue determinado mediante el analisis de datos de calidad del agua en nueve estaciones de muestreo. Cuatro de ellas en las playas de Santa Marta, Taganga, Playa Grande y el Rodadero; dos en las desembocaduras de los rios Manzanares y Gaira y las tres restantes en la descarga del emisario submarino a diferentes profundidades (Fondo, Profundidad media y Superficie). Las muestras fueron tomadas entre enero de 2006 y diciembre de 2008 cada dos meses. Se encontro una asociacion entre el vertimiento del emisario submarino cuyo caudal fue estimado en 1028,64±163,9 (L/s) y la calidad del agua en Taganga y Santa Marta. Se examino el grado de contaminacion en las estaciones de muestreo, encontrando niveles de contaminacion media en la playa de Santa Marta, las desembocaduras de los rios y la estacion en la superficie del emisario submarino.