En la era post-genomica, el entendimiento de la regulacion genica se ha convertido en un reto y una prioridad de investigacion. En este trabajo realizamos un estudio comparativo de las secuencias reguladoras del gen de la chalcon sintetasa de varias familias botanicas. Veintidos secuencias de promotores de Chalcone Synthase fueron comparados teniendo en cuenta tres elementos Cis reguladores: Caja-G, Caja-H y Caja-TATA, que podrian estar actuando como una sola unidad cooperativa. Nuestra comparacion muestra que estos elementos puede que se conserven en algunas especies e inclusive que se conserven a nivel de familia. Sin embargo, en algunas especies no todos los elementos Cis fueron encontrados, mostrando que no todas las especies se regulan bajo los mismos parametros. Adicionalmente, una comparacion entre promotores de una misma especie con una familia de multigenes Chs, mostro que los genes duplicados son variables en la composicion del elemento Cis, sugiriendo que estos genes pueden estarse expresando de maneras diferentes.