A partir de la genotipificacion de cinco marcadores bialelicos (YAP, PoliA, PN3, DYS257 y DYS271) y tres microsatelites (DYS19, YCAIIa/b y DYS413a/b) del cromosoma Y en las tres poblaciones afrocolombianas de Palenque de San Basilio, Quibdo y Providencia, se establecieron relaciones geneticas patrilineales entre las mismas y con poblaciones africanas en las que se han estudiado los mismos marcadores geneticos. Se utilizo la tecnica de la PCR para amplificar todos los loci mencionados en un total de 58 individuos; para YAP y los microsatelites se obtuvo el estado alelico por diferencias en el tamano del fragmento amplificado, y para los otros marcadores se utilizaron enzimas de restriccion especificas para cada caso y se observaron diferencias en el patron de bandas generadas. Se realizaron analisis de varianza molecular teniendo en cuenta los datos obtenidos en este estudio y otros reportados en la literatura en los que se incluyen poblaciones africanas y afroamericanas. Tambien se hicieron diagramas de agrupacion a partir de diferentes distancias geneticas. Se observo una mayor estructuracion poblacional para los marcadores bialelicos que para los microsatelitales, aunque tambien se observaron diferencias marcadas para cada uno de los dos tipos de marcadores al comparar los resultados obtenidos para las poblaciones afrocolombianas con los reportados en diferentes estudios. La poblacion de Providencia se diferencia claramente de las de Quibdo y Palenque para los marcadores bialelicos, y se asemeja mas a grupos caucasicos, en los que predominan los haplotipos YAP-. Esta composicion genetica se asemeja a la que se ha encontrado en poblaciones afrouruguayas. La cercania de la poblacion de Providencia a grupos caucasicos puede deberse a un proceso de mezcla por via paterna con poblaciones inglesas, lo que se veria reflejado en el idioma que se habla en la isla, la predominancia de apellidos ingleses y la composicion genetica, congruente con su historia poblacional. Las poblaciones de Quibdo y Palenque se asocian a grupos humanos de Africa occidental y central, acorde con los datos historicos acerca de la procedencia de los esclavos traidos a America durante los siglos XVI-XIX. Tanto para marcadores bialelicos como microsatelitales, se observo una cercania de Palenque con poblaciones nativas de Gambia, y de Quibdo con otros grupos del norte de Camerun, de afiliacion Bantu.