El pato de torrente ( Merganetta armata )‚ habita en uno de los ecosistemas mas amenazados del continente‚ los rios torrentosos de los Andes‚ por los multiples usos que el hombre les da‚ esta especie de pato es endemica de Sudamerica. Se pretendio caracterizar los nematodos y protozoos gastrointestinales presentes en el pato de torrente ( Merganetta armata colombiana ) en el departamento del Quindio‚ determinando los niveles de excrecion de huevos y ooquistes de nematodos y protozoos gastrointestinales. Se muestrearon 15 parejas en estado silvestre‚ localizados en un tramo de 8‚5 Km del rio Quindio‚ no se realizo ningun tipo de manipulacion de los animales a estudiar (colecta‚ sacrificio o eutanasia)‚ se efectuo una observacion directa de los individuos durante las primeras horas del dia‚ se colecto materia fecal fresca y no asoleada‚ las muestras del dia se mezclaron haciendo un pool de materia fecal‚ la conservacion de estas se realizo adicionandolas en formol al 10%‚ con el fin de disminuir la velocidad del desarrollo y la eclosion de los huevos‚ posteriormente en el laboratorio se les aplico una prueba de McMaster modificada. Se elaboraron histogramas de frecuencia para relacionarlas con estudios similares en aves anseriformes‚ siendo las variables de este estudio nematodos: Capillaria ‚ Amidostomum y Epomidiostomum ‚ y protozoos se analizaron las Especies: Eimeria ‚ Tyzzeria ‚ Entamoeba y Giardia spp. Se determino que los nematodos gastrointestinales del M. armata pertenecen a Libyostrongylus spp.‚ con una mayor eliminacion de huevos y ooquistes los meses de junio (31‚7%)‚ julio (23%) y septiembre (23%)‚ no se presento eliminacion de huevos y ooquistes del nematodo en el ultimo trimestre del ano 2012 y en los meses de marzo‚ abril y mayo del 2013‚ no se pudo relacionar el Libyostrongylus con las demas variables puesto que no esta descrita en ninguna de las investigaciones estudiadas‚ en cuanto a los protozoos hallados se encontro la clase Giardia spp.‚ su mayor indice de presentacion de excrecion fue en los meses de junio (16‚2%)‚ julio (11‚1%)‚ diciembre (13‚9%)‚ enero (15‚3%) y abril (6‚0%)‚ los meses en que menos se presento excrecion del parasito fueron los meses de agosto (2‚8%) y septiembre (1‚1%)‚ la Giardia es uno de los protozoos causantes de enfermedades zoonoticas que afectan a tanto humanos y animales silvestres‚ se hace necesario realizar mas estudios para conocer la magnitud del problema de contaminacion del rio y asi poder cuantificar su importancia para poder establecer medidas de control.