Los marcadores moleculares son una herramienta eficaz para determinar variabilidad genetica entre y dentro de poblaciones, pero en el caso de Cavia porcellus , no existen reportes referentes al uso de estas tecnicas. Con los marcadores moleculares AFLP´s (Amplified Fragment Length Polimorphism), se analizaron tres poblaciones, dos criollas y una mejorada geneticamente, sometida a seleccion durante varias generaciones y obtenida a partir del cruzamiento entre animales peruanos y nativos de Narino. Para obtener los marcadores moleculares AFLP´s (Amplified Fragment Lenght Polimorphism), se utilizaron en total cinco combinaciones de cebadores, tres combinaciones recomendadas para el orden Rodenthia y dos por la casa fabricante del Kit, de las cuales solo una de ellas, con 116 loci , permitio establecer diferencias entre las poblaciones estudiadas, de acuerdo con el valor de distancia genetica insesgada de Nei (p Palabras clave: AFLP´s, Cavia porcellus , variabilidad genetica. Summary Molecular markers are a powerful tool to determine genetic variability within and among populations, but for the Cavia porcellus there are no reports on the use of these techniques. Three populations, two native and another one, genetically improved which was obtained by crossing native and Peruvian animals and submitted to genetic selection through several generations were analyzed by means of AFLP markers. Five primer's combinations recommended for Rodenthia were used, but only one allowed to establish significant differences (p Cavia porcellus in the southwest region of Colombia. Key words: AFLP, Cavia porcellus , genetic variability.