El Sistema Nacional de Ciencia, Tecnologia e Innovacion de Colombia (SNCTeI) como parte de sus estrategias de gestion, esta incorporando un nuevo modelo de innovacion denominado «triple helice», que tiende a trasformar la tradicional universidad de formacion e investigacion, en una universidad de caracter empresarial. El articulo lleva a cabo una aproximacion al impacto que tienen las estrategias del modelo de Ciencia, Tecnologia e Innovacion sobre la actividad investigativa en las areas humanisticas y sociales, en el marco de la gestion del conocimiento. Se hara un acercamiento desde la teoria critica, y desde esta a la racionalidad instrumental, lo que permitira mostrar la problematica que presenta este tipo de racionalidad en la investigacion en ciencias sociales y humanas. La metodologia de investigacion es cualitativo, de tipo exploratorio, mediante entrevistas dirigidas a investigadores del area, responsables de la administracion y gestion, a quienes disenan las politicas de universidades publicas y privadas y a los organismos gubernamentales, para conocer sus apreciaciones sobre el impacto que estas nuevas politicas y estrategias de gestion tendrian en las ciencias sociales y humanas. Entre las conclusiones del estudio se encuentra que el nuevo modelo de innovacion, denominado Triple Helice, apunta a que la universidad lidere las iniciativas y financie la creacion de empresas de base tecnologica. Esto hace que los investigadores en ciencias sociales y humanas busquen como amoldarse a los parametros fijados por el modelo, lo que los conduce a desdibujar sus objetos de estudio, con el riesgo de que la investigacion en su area se vea reducida a los estrechos margenes de la comercializacion de sus resultados.