Objetivo: amplificar los 3 exones del gen BMP2, secuenciarlos e identificar polimorfismos que puedan estar relacionados con la presencia de hendidura labial y palatina (LPH). Metodos: Se realizo extraccion de DNA a partir de sangre periferica previo consentimiento informado, de cinco personas sin hendidura palatina (grupo control) y diez pacientes con hendidura palatina no sindromatica (grupo caso). Los tres exones del gen BMP2 se amplificaron mediante la reaccion en cadena de la polimerasa (PCR) utilizando primers especificos, bajo condiciones de amplificacion previamente estandarizadas por el grupo. Las secuencias obtenidas de los casos y controles fueron comparadas, para la identificacion polimorfismos, mediante el programa de analisis de polimorfismos de secuencias nucleotidicas DNAsp (www.ub.es/dnasp/). El posible impacto de los polimorfismos encontrados en la estructura de la proteina fue determinado mediante el programa bioinformatico PolyPhen (http://coot.embl.de/PolyPhen/). Resultados: se detectaron cuatro polimorfismos (SNPs). Todos los polimorfismos se presentaron en cuatro de los siete pacientes analizados, y en menor proporcion en los controles. Los SNPs 929, 2182 y 2584 han sido previamente reportados en la base de datos de la NCBI Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs), pero no han sido asociados con la presencia de labio y paladar hendido hasta el momento, mientras que el polimorfismo encontrado en el Exon 2 posicion 939 no habia sido previamente reportado. Los SNPs encontrados en el Exon 3 hacen parte de la region 3'UTR del mRNA, por lo tanto son no codificantes. El SNP encontrado en el Exon 2 en la posicion 929 del mRNA produce un cambio silencioso. Por ultimo el SNP encontrado S) en laaen la osicion 939 del mRNA introduce un cambio de Glicina por Serina (G posicion 91 de la proteina aparentemente sin un mayor efecto en la estructura de la proteina, sin embargo su efecto sobre la funcion de la proteina queda aun por determinarse. Las secuencias de los exones de cada individuo ensambladas en un solo archivo fueron reportadas en el GenBank (Accesion number GQ335529, GQ335530, GQ335531, GQ335532, GQ335533, GQ335534, GQ335535, GQ335536, GQ335537, GQ335538, GQ335539, GQ335540, disponible en www.ncbi.nih.gov) y los polimorfismos fueron reportados en la base de datos de NCBI Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) (Accesion number rs79417223 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/snp_ss.cgi?subsnp_id=159100333, rs15705 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/snp_ss.cgi?subsnp_id=159100331, y ss159100332 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/snp_ss.cgi?ss=159100332) . Conclusiones: se identificaron cuatro polimorfismos en el gen BMP2 en pacientes con hendidura LPH: tres previamente reportados pero no asociados con LPH y un nuevo polimorfismo que no habia sido previamente reportado en pacientes con LPH. Sin embargo, se requieren estudios adicionales con un mayor grupo de pacientes para confirmar la asociacion entre los polimorfismos y la presencia del defecto; asi como tambien determinar el potencial efecto que pueden tener los polimorfismos detectados mediante la realizacion de estudios funcionales.