La virosis del tomate de arbol en Colombia es causada por un complejo de al menos siete virus, que incluyen miembros de los generos Potyvirus, Cucumovirus, Polerovirus y Tobamovirus, entre otros. La propagacion de este frutal se realiza por semilla sexual, por lo cual es fundamental garantizar su sanidad, especialmente de virus como PVY y PLRV, que han sido informados y pueden ser transmitidos por esta via. En la investigacion se realizaron los analisis filogeneticos de aislados de PVY y PLRV obtenidos a partir de muestras de semilla sexual y plantulas de vivero de tomate de arbol procedentes de diferentes regiones de Colombia. Tambien se desarrollaron tecnicas de hibridizacion molecular con sondas dirigidas al gen de la capside, como herramientas de diagnostico para el genero Potyvirus y la especie PLRV. El analisis filogenetico de secuencias para PVY, agrupo los aislados de plantas de vivero con aquellas informadas en tejido foliar de plantas adultas, no asociandose con ninguno de los grupos que representan las razas conocidas de PVY. En el caso de PLRV, los aislados secuenciados se asociaron indistintamente con los obtenidos de cultivos de papa en diferentes paises. La tecnica de dot-blot presento niveles de deteccion muy similares a pruebas de ELISA, pero no asi la metodologia de tissue-printing, que detecto un 15% menos de las muestras que resultaron positivas mediante ELISA. Este trabajo evidencia la necesidad del desarrollo de programas de certificacion de semilla para este frutal en latinoamerica.