El genero vanilla, como todas las orquideas, presenta simbiosis obligada con hongos para la germinacion de sus semillas, y en las raices conserva la relacion para adquirir nutrientes a partir de las estructuras generadas por el hongo, denominadas “pelotones” (Arditti 1992). De igual forma, en el interior de sus raices habitan hongos endofitos que no causan sintomas de enfermedad (Bayman et al., 2011; Gamboa 2006), y pueden existir hongos patogenos como Fusarium oxysporum f. sp. vanillae considerado el principal limitante fitosanitario en su produccion comercial (Cameron, 2011). Al reconocer poblaciones nativas de Vanilla en Colombia es posible conocer sobre su ecologia en condiciones silvestres, identificar diversidad de sus hongos micorrizicos, asi como endofitos y patogenos. Con estos elementos se pueden proponer estrategias de produccion comercial y proteccion fitosanitaria del cultivo de vainilla para su establecimiento en sistemas agroforestales.