La determinacion del sexo en plantas de papaya es considerado un sistema intrigante, debido a que esta especie presenta tres sexos (macho, hembra y hermafrodita) determinados por un locus multialelico. Ademas, esta especie no presenta cromosomas sexuales morfologicamente diferenciables. Los marcadores moleculares pueden asociarse a caracteristicas de interes, como en el presente caso, al sexo en plantulas de papaya. Con el objetivo de identificar marcadores moleculares que permitan una rapida identificacion del sexo en genotipos colombianos de plantulas de papaya, se aplico la tecnica RAPD (ampliacion aleatoria de polimorfismos del ADN). El estudio encontro tres marcadores RAPD polimorficos, los cuales permitieron diferenciar los sexos de la papaya. Dos marcadores fueron especificos para plantas macho y hermafrodita, y un tercero para plantas hembra. Estos nuevos marcadores moleculares podran ser beneficiosos en la determinacion del sexo en genotipos colombianos de papaya.