Se estudio la estructura genetica de los jaguares en Colombia (n=49), e igualmente, se com-pararon los resultados moleculares obtenidos con otros 16 jaguares procedentes de Guatemala,Peru, Bolivia y zona central de la Amazonia brasilena. Para ello se emplearon 18 marcadores microsatelites (STRPs) disenados para gato domestico. Estos marcadores fueron Fca 01, 08, 24,43, 45, 70, 94, 96, 126, 136, 176, 200, 225, 251, 290, 294, 391 y 506, localizados en losdiferentes cromosomas felinos. Mediante tests exactos utilizando cadenas de Markov y elmetodo de Fisher se determino un fuerte exceso de homocigotos en todos los niveles jerarquicosanalizados, lo cual pone en evidencia la posible importancia del efecto Wahlund en esta especiey la no existencia de correspondencia con las subespecies morfologicamente propuestas en elpasado. Se calculo tambien el asignamiento poblacional de los jaguares analizados, a las dossubespecies de jaguares presentes en Colombia mediante el metodo de verosimilitud y con elmetodo basado en distancias con los procedimientos “as is” y “leave one out”.