Introduccion: La tipificacion molecular de ADN de cromosoma-Y es una herramienta de reconocida importancia en el proceso de identificacion de individuos de genero masculino en diversos casos forenses. Actualmente es una herramienta de apoyo para los laboratorios de genetica estatales en la identificacion de victimas del conflicto armado en Colombia, dentro de los procesos enmarcados en la Ley de Justicia y Paz. En este estudiose determina el haplotipo del cromosoma-Y que sera comparado con parientes por linea paaterna de genero masculino, con el fin de realizar el analisis estadistico de estos marcadores, aportar a una base de datos colombiana y comparar con parientes de la linea masculina. Objetivo: Realizar una caracterizacion de haplotipos mediante analisis de marcadores moleculares, STR del cromosoma-Y en una muestra de poblacion del altiplano cundiboyacense colombiano. Metodologia: De las muestras del «Programa de Banco de muestras de sangre de funcionarios de la Fiscalia General de la Nacion (FGN)» fueron seleccionadas aleatoriamente 74 muestras de individuos que no reportaron relacion por linea paterna entre si y cuyo origen geografico por linea paterna dos generaciones atras correspondia a los departamentos de Cundinamarca o Boyaca. Se amplificaron y tipificaron 17 polimorfismos de repeticiones en tandem en el cromosoma-Y, el que se aplico el kit comercial AmpFiSTR®YFiler™ (DYS456, DYS389I, DYS390, DYS389II, DYS458, DYS19, DYS385a/b, DYS393, DYS391, DYS439, DYS635, DYS392, Y-GATA-H4, DYS437, DYS438 y DYS448). Resultados: Distribucion de frecuencias alelicas y haplotipicas para los 17 marcadores analizados: se determinaron 71 haplotipos con 17 marcadores STR-Y, de los que 68 eran unicos y 3 fueron observados en 2 individuos con un haplotipo compartido para los dos departamentos del altiplano cundiboyacense. La diversidad haplotipica para la muestra poblacional fue de 99.9% con un poder de discriminacion de 95.9% y probabilidad de coincidencia al azar de 1.5%. La comparacion de las dos poblaciones entre si no presento diferencias estadisticas significativas, es decir, no hubo variaciones de las frecuencias alelicas entre Cundinamarca y Boyaca. Discusion: Los valores de diversidad haplotipica, poder de discriminacion y probabilidad de coincidencia al azar corroboran la utilidad del analisis de STR-Y en casos de filiacion por linea paterna y son coherentes con los valores observados en el inicio del desarrollo de bases de datos de haplotipos. Conclusion: Los datos del analisis de los 17 marcadores STR-Y, recogidos en el presente estudio, aportan haplotipos de poblacion del altiplano cundiboyacense, la cual es una de las concentraciones de poblacion mas significativas en Colombia. Estos resultados corresponden a una recopilacion de datos informativos que permiten mejorar una base de datos en la que se genere la estimacion real de frecuencias haplotipicas de STR-Y para su aplicacion en la practica forense y estudios de poblaciones humanas.