Las infecciones neumococicas afectan principalmente a ninos y ancianos. Ademas, por el incremento de aislamientos resistentes a penicilina, S. pneumoniae es considerado como uno de los principales problemas de salud publica. El objetivo fue determinar las relaciones geneticas de los aislamientos invasores de S. pneumoniae con susceptibilidad disminuida a penicilina (SDP) recuperados de julio-2003 a junio-2004. Se estudiaron 66 aislamientos utilizando la tecnica de electroforesis de campo pulsado (PFGE), los patrones electroforeticos se compararon segun los criterios de Tenover y se analizaron con el programa Fingerprinting TMII 3.0. En 12 aislamientos se identificaron los perfiles PBP, con la tecnica del polimorfismo en la longitud de los fragmentos de restriccion (RFLP) de los genes pbp 2b, 2x y 1a, los cuales se interpretaron segun lo establecido por el laboratorio. Las relaciones entre los grupos clonales y las caracteristicas demograficas de los pacientes se analizaron con los programas EpiInfo 6.04 y MVSP 3.1. La mayoria de los aislamientos (71%) presentaron el patron PFGE B relacionado con el clon 3-Espana9V, seguido por los patrones C (6%) agrupado con el clon 26-Colombia23F, D (4%) con el clon 2-Espana6B y A (2%) con el clon 1-Espana23F, los aislamientos restantes se distribuyeron en diez patrones no relacionados con clones internacionales. En los aislamientos relacionados con los clones 1, 2, y 26 se identifico el mismo perfil PBP del clon y los relacionados con el clon 3 presentaron una variante del perfil PBP del clon 3. En Colombia la prevalencia de aislamientos invasores resistentes a penicilina se debe a la circulacion de los clones internacionales 1-Espana23F, 2-Espana6B, 3-Espana9V y 26-Colombia23F.