El establecimiento de forma generalizada de las relaciones entre la Universidad y la empresa ha abierto un campo de estudio de gran interes, centrado en los efectos que tales relaciones pudiesen tener sobre las misiones universitarias tradicionales, especialmente sobre la investigacion. En este articulo se analiza si las relaciones universidad empresa (RUE) inhiben la productividad cientifica de los profesores universitarios. El estudio empirico toma como caso de analisis las dos universidades mas importantes de la Comunidad Valenciana- Espana. La muestra final esta conformada por 2034 profesores, de los que se tiene informacion para el periodo 1999-2004. Los resultados obtenidos indican que el efecto de las relaciones universidad-empresa sobre la productividad cientifica del profesor esta condicionado por el tipo de actividad de vinculacion y las caracteristicas del socio con el que se establece dicha relacion.