Se realizaron mediciones de 22 parametros fisicos, quimicos, biologicos y evaluacion de fitoplancton durante cuatro meses en tres estaciones de muestreo para caracterizar La Cienaga Colombia, como representativa del sistema de humedales del Bajo Cauca Antioqueno, con el animo de proponer un metodo para la deteccion de la calidad ambiental de este tipo de ecosistemas, que permita fijar pautas para su adecuado manejo. Se analizaron los datos mediante la determinacion de indices de estado trofico, contaminacion e indicares bioticos, asi como analisis estadisticos de componentes principales y analisis de correspondencia canonica. Los valores promedio de los indices de estado trofico evidenciaron la calidad eutrofica del ecosistema, aspecto que coincide con los indices de contaminacion especialmente referido a los valores de fosforo total. Los indicadores bioticos mostraron distribucion uniforme de fitoplancton, con valores bajos en cuanto a diversidad por la condicion de ser humedal eutrofico, se identificaron un total de 69 especies pertenecientes a 31 generos, 21 familias y 6 divisiones, grupos importantes y representativos en aguas naturales. Se detecto la presencia de un alto porcentaje de macrofitas producto de los sedimentos aportados por el mal uso del suelo en las areas de influencia.