El maracuya es uno de los principales frutales del Neotropico y en Colombia existen cerca de 6000 ha cultivadas con esta fruta, con una produccion de 90,000 t/ano. No obstante este potencial, los cultivos presentan graves problemas fitosanitarios y degeneracion genetica, lo que se manifiesta por una reduccion de la vida util de la plantacion. El objetivo de esta investigacion fue evaluar el grado de variabilidad genetica del maracuya cultivado en Colombia como base para un programa de fitomejoramiento. Las recolecciones se realizaron en los departamentos de Antioquia, Caldas, Cauca, Huila, Tolima y Valle del Cauca mediante una seleccion masal participativa con los productores. En cada cultivo, se seleccionaron diez frutos al azar (calidad extra) de las plantas mas sobresalientes por productividad y sanidad, en las cuales se registro la incidencia de insectos plaga y enfermedades. Los frutos fueron caracterizados con 11 variables fisicoquimicas y analizados mediante la descomposicion de la varianza (univariado) y el analisis de clasificacion (neighbour joining). Los resultados mostraron que los trips (Neohydatothrips spp.) y la virosis (SMV) son los problemas fitosanitarios que mas afectan el cultivo en los sitios del estudio. El analisis univariado del fruto mostro un porcentaje de variabilidad promedio total de 14.31% (CV), destacandose los pesos de la cascara (20.53%) y de la semilla (20.47%). Tomando en cuenta los parametros de calidad (oBrix y %pulpa + semilla) se identificaron ocho accesiones elite provenientes de Caldas, Valle del Cauca y Antioquia. El analisis de clasificacion mostro una alta variabilidad, con poca estructuracion por origen geografico. Estos resultados permitiran iniciar un proceso de mejoramiento genetico a partir de genotipos superiores de las accesiones elite identificadas.