Objetivo Analizar el proceso de toma de decision en asuntos de salud publica en el contexto del Sistema General de Seguridad Social en Salud Colombiano, el cual esta fundamentado en el enfoque de economia de mercado. Metodologia Se utilizo la Teoria Fundamentada como metodo de investigacion cualitativa. El estudio se realizo en seis ciudades colombianas (Bogota, Barranquilla, Bucaramanga, Leticia, Medellin y Pasto) en el 2012 y 2013. Se entrevistaron 120 profesionales de la salud involucrados en procesos de toma de decisiones de nivel directivo y operativo, de vigilancia y control en salud publica, de instituciones publicas y privadas. Tambien se realizaron 14 grupos focales con lideres comunitarios. Resultados Los hallazgos sugieren que hay una debil capacidad de rectoria y una inefectiva gobernanza por parte de las autoridades de salud nacional y municipal en los asuntos de salud publica, lo cual se relaciona con la falta de personal idoneo en este campo. Esto a su vez se articula con la interferencia de los partidos politicos y los intereses particulares de aseguradoras privadas, la fragmentacion estructural de las funciones y actores en el sistema de salud, lo que limita la gestion y el desarrollo de la salud publica. Conclusiones Para lograr una cooperacion entre los actores del SGSSS, es decir una gobernanza efectiva, se requiere de una nueva axiologia que supere los asuntos de competencia y animo de lucro que predominan en el sistema.