Introduccion: El fenomeno de sub-estructura en las poblaciones ha tenido desde hace varios anos un abordaje amplio, que se enfoco, entre otros, en la identificacion y cuantificacion de la mezcla etnica presente en estudios de mapeo asociativo, para comprobar la asociacion de marcadores polimorficos en el desarrollo de enfermedades comunes complejas, como responsable de falsos positivos. No obstante el reconocimiento de este problema, no se tiene suficiente informacion genetica en el contexto nacional ni local que permita determinar la posible diferenciacion de subgrupos poblacionales en cada region en particular. Objetivo: Determinar la estructura genetica en una muestra poblacional de la ciudad de Bucaramanga, a partir del analisis de 19 marcadores microsatelites autosomicos en distintos subgrupos poblacionales. Metodologia: De la base de datos del Laboratorio de Genetica Humana de la Universidad Industrial de Santander, se seleccionaron aleatoriamente 350 muestras de ADN, y se amplificaron 19 marcadores autosomicos Short Tandem Repeat mediante los «kits Powerplex ® 16 y FFFL (Promega)». Resultados: En el analisis de equilibrio Hardy Weinberg, no se obtuvieron diferencias estadisticamente significativas en 18 de 19 marcadores Short Tandem Repeat autosomicos analizados en la poblacion de Bucaramanga. El unico marcador que mostro no estar en equilibrio Hardy Weinberg en la poblacion de Bucaramanga fue el F13B (valor de significancia de p=0.00264, despues de aplicar la correccion de Bonferroni). Discusion: Las poblaciones representadas en los seis estratos socioeconomicos mostraron alta diversidad genetica intragrupos, que ratifico una alta variabilidad entre los individuos de la ciudad de Bucaramanga, acorde con el bajo valor de F ST entre distintos grupos, determinado en el analisis molecular de varianza con base en frecuencias alelicas observadas para los 19 Short Tandem Repeat analizados. Conclusion: La alta diversidad genetica y el analisis molecular de varianza mostraron una baja diferenciacion entre los seis estratos socioeconomicos en la ciudad de Bucaramanga, y evidenciaron a la poblacion como una misma unidad genetica, no sub-estructurada.