El presente estudio tuvo por objeto determinar los diferentes agentes causales de pudricion de capsulas de algodon y evaluar las perdidas ocasionadas por ellos, en la zona algodonera del Valle del Cauca; asi como tambien, en la coleccion de variedades del Programa de Algodon del Instituto Colombiano Agropecuario en Palmira. Los microorganismos aislados con mayor frecuencia fueron: Alternaria spp, Fusarium spp, Botryodiplodia sp, Neurospora sp. Y Rhizoma sp, los cuales se inocularon en capsulas sanas para comprobar su patogenicidad. Cultivos monosporicos de cada uno de estos patogenos fueron enviados al Commonwealth Mycological lnstitute (CMI) de Inglaterra con el objeto de identificar las diferentes especies. Para analizar la distribucion e intensidad de las diferentes enfermedades, se utilizo un modelo de clasificacion jerarquica 6 anidado (Tipo II) para cada variable y el total de las mismas. Tambien se empleo el metodo estadistico de correlacion para averiguar si la presencia de una enfermedad estaba relacionada con la presencia de otra de las afecciones. El porcentaje de capsulas de algodon afectadas por pudricion alcanzo un 14.06 %, con una perdida aproximada de algodon-semilla para el Valle del Cauca de 6.623 toneladas, lo que significa $132.460.000 pesos perdidos durante el primer semestre de 1973.