La yuca (Manihot esculenta) constituye la base de la alimentacion para mas de 1.000 millones de personas en el mundo, consolidandose como el cuarto cultivo mas importante en el mundo despues del arroz, el maiz y el trigo. La yuca es considerada como un cultivo relativamente tolerante a condiciones de estres abiotico y biotico, sin embargo estas caracteristicas se encuentran principalmente en variedades no comerciales. Las estrategias de mejoramiento genetico convencional o mediadas por transformacion genetica representan una alternativa para introducir las caracteristicas deseadas dentro de las variedades comerciales. Un paso fundamental con miras a acelerar los procesos de mejoramiento genetico en yuca requiere el descubrimiento de los respectivos genes relacionados con las caracteristicas buscadas, para lo cual los ESTs (del ingles Expressed Sequence Tags) son una via rapida para este fin. En este estudio se realizo un analisis de la coleccion completa de ESTs disponibles en yuca, representada por 80.459 secuencias, los cuales fueron ensamblados en un conjunto de de 29.231 genes unicos (unigen), representado por 10.945 contigs y 18.286 singletones. Estos 29.231 genes unicos pueden representar cerca del 80% de los genes del genoma de yuca. Entre el 5 y 10% de los unigenes de yuca no presentaron similitud con las secuencias presentes en las bases de datos de NCBI y pueden constituir genes especificos de yuca. A un grupo de secuencias del set unigen (29%) fue posible asignarles una categoria funcionales de acuerdo al vocabulario Gene Ontology. El componente funcion molecular es el mejor representado con 43% de las secuencias, seguido por el componente proceso biologico (38%) y finalmente el componente celular (19%). Dentro de la coleccion de ESTs de yuca se identificaron 3.709 microsatelites que podran ser empleados como marcadores moleculares. Este estudio representa una contribucion importante al conocimiento de la estructura genomica funcional de la yuca y se constituye en una herramienta para la identificacion de genes asociados a caracteristicas de interes agricola para posteriores programas de mejoramiento genetico.