La estrategia es un factor determinante para la estructura organizacional y la toma de decisiones de cualquier organizacion, especialmente en las Pymes (pequenas y medianas empresas), siendo estas las mas vulnerables en todos los factores tanto internos como externos que se puedan afrontar en un momento determinado. En el caso de los tratados de libre comercio que, se tienen como un factor externo, firmados como alianzas estrategicas con otros paises y que obligan a las organizaciones, a que se preparen estrategicamente para poder minimizar cualquier impacto con el que se puedan ver afectadas. En este sentido, el objetivo de nuestra ponencia es fundamentar teoricamente los conceptos de estrategia y estructura y la relacion que existe entre ellas, de modo que se valide, en parte, la investigacion que se esta desarrollando para posteriormente plantear estrategias que lleven a las Pymes Bogotanas a fortalecerse en estas variables, minimizando los niveles de incertidumbre, para que puedan alcanzar los objetivos esperados.