Se realizo la caracterizacion molecular entre 16 ecotipos de cocoteros pertenecientes a una poblacion del municipio de Baracoa, provincia Guantanamo, empleando la tecnica Inverse Sequence Tagged Repeat (ISTR detecto un polimorfismo del 81,8%, demostrando la potencialidad de este marcador para realizar estudios de diversidad molecular en el cocotero. El porcentaje de identificacion fue alto (Pi=91,2%), lo cual sugiere que las combinaciones de oligonucleotidos empleadas pudieran ser utilizada para estudios de identificacion de ecotipos en poblaciones de cocotero de la zona de Baracoa mientras, que la heterocigocidad esperada fue baja (He=0,30). La evaluacion de la diversidad en los diferentes ecotipos de cocoteros mediante marcadores ISTR mostro que se cuenta con un nivel de variabilidad, atendiendo a los grupos formados, lo que se corresponde con la gran variacion morfologica observada en la poblacion in situ. Ademas, estos resultados sugieren que la hibridacion natural ha sido un factor determinante en la generacion de la variabilidad encontrada entre los ecotipos, caracteristica de las variedades de cocotero.