No existe una clasificacion unica y definitiva del genero Capsicum. Varias investigaciones han contribuido al conocimiento en la diversidad genetica de este genero mediante caracteres morfologicos; sin embargo, la morfologia floral en la diferenciacion de especies de este genero es poco efectiva (Pickersgill, 1980) y no permite diferenciar las especies C. annuum, C. chinense, C. frutescens (Palacios, 2007). El acompanamiento de tecnicas de ADN polimorfico amplificado al azar (RAPD) ha permitido la identificacion de genotipos y la formacion de grupos con base en caracteres morfologicos y moleculares en Capsicum. La secuenciacion y la bioinformatica aplicada al campo de la taxonomia han proporcionado un modo de identificar especies mas alla de los caracteres morfologicos, es asi como surgen los codigos de barras (DNA Barcoding) que permiten la identificacion de especies, mediante la utilizacion de una o mas secuencias cortas de genes de una porcion estandarizada del genoma.(Kress, 2005). Complementa los estudios morfologicos y puede facilitar la identificacion taxonomica, la conservacion y la gestion de recursos geneticos almacenados en bancos de germoplasma. En este estudio se evaluaron siete regiones loci cloroplasticas: AdhC, G3pdh, rpl32-trnL, ndhF-rpl32, 3’rps16–5’trnK(UUU), trnQ(UUG)-5’rps16, psbA-trnH y una region loci nuclear ITS4, ITS5A como posibles candidatos a la identificacion del complejo Capsicum.