En esta investigacion, se estudio la condicion ambiental y el funcionamiento de las lagunas de estabilizacion para el tratamiento de las aguas residuales del municipio de La Ceja, Antioquia. Este sistema ha presentado deficiencias en su operacion, reflejadas en problemas organolepticos, hidraulicos y metabolicos. El sistema de lagunas del municipio de La Ceja esta conformado por dos lagunas anaerobias y una laguna facultativa, que reciben las aguas residuales domesticas provenientes de un alcantarillado combinado. En los anos 2003 y 2004, se realizaron mediciones de variables fisicas, quimicas y biologicas, incluyendo tres muestreos generales. El sistema funciono deficientemente debido a problemas hidraulicos. La deficiencia del sistema estuvo acompanada de una baja remocion de nutrientes disueltos en la laguna facultativa asociada a un pobre desarrollo de la comunidad de microorganismos. El sistema presento una remocion de carga organica del 75 %, relacionada principalmente con la sedimentacion en las lagunas anaerobias.