Se monto una huerta con cultivos de cebolla (Allium fistulosum) y zanahoria (Daucus carota) en la que se utilizaron practicas de agricultura ecologica: fertilizacion organica, asociacion de cultivos, cubierta del suelo, mantenimiento de arvenses y alelopatias. Se prepararon como fertilizantes: compost tipo Bocashi empleando sustratos que abundan en la zona y que, si no se utilizan pueden convertirse en fuentes de contaminacion (bagazo de cana y pulpa de cafe), y un biofertilizante liquido aerobio. Estos procedimientos se realizaron con el fin de evaluar las preparaciones tradicionales de los campesinos de la region. Se definieron tres tratamientos: T1: compost a base de bagazo de cana y pulpa de cafe, mas biofertilizante, T2: compost a base de bagazo de cana, mas biofertilizante y T3: control, sin compost, ni biofertilizante. Se realizo un analisis microbiologico del suelo antes y despues del cultivo, que incluyo hongos filamentosos, bacterias no filamentosas y actinomycetes, determinando el tamano de sus poblaciones, su diversidad y algunos grupos funcionales asi: Fijadores de Nitrogeno en bacterias, Solubilizadores de Fosfatos en hongos y celuloliticos, xilanoliticos, amiloliticos, proteoliticos y solubilizadores de fosfatos en actinomycetes. Se determino la produccion en cada tratamiento. Se empleo un analisis de varianza con diseno de bloques completamente al azar y una prueba de Dunnet, los resultados sugieren que las tecnicas agroecologicas usadas, tuvieron efecto en las poblaciones de microorganismos, afectando su abundancia y/o diversidad y modificando la presencia de microorganismos pertenecientes a los grupos funcionales estudiados. La aplicacion de los abonos organicos elevo la produccion de los cultivos, que se desarrollaron sin plagas y enfermedades. El efecto mas notable se presento con la aplicacion del T2, evidenciandose un aumento significativo de la productividad de los cultivos, significativas variaciones en la abundancia y diversidad de los microorganismos y variacion en las poblaciones de los grupos funcionales evaluados, especialmente para los actinomycetes.