En el presente trabajo se realiza un analisis critico a la jurisprudencia del Consejo Superior de la Judicatura que resuelve los conflictos de jurisdiccion entre la Unidad de Derechos Humanos de la Fiscalia General de la Nacion y la Justicia Penal Militar La linea jurisprudencial observada, encuentra en una sentencia de la Corte Constitucional un antes y un despues que permite afirmar la tendencia cada vez mas garantista de la jurisprudencia analizada. Sin embargo, es bastante clara la constatacion segun la cual, cuando se trata de investigaciones en las que se encuentran involucrados oficiales de alto rango, la tendencia sigue siendo atribuirle la competencia a la jurisdiccion castrense, cualquiera sea la naturaleza del delito o el vinculo con el servicio. Esto pone de manifiesto la existencia de un asunto que va mas alla de lo estrictamente juridico y argumentativo.