Plagioscion magdalenae pertenece a los sciaenidae, esta familia es ampliamente reconocida por ser un recurso pesquero importante a nivel mundial, principalmente de especies marinas o estuarinas. P. magdalenae es una especie de importancia economica, dada su frecuencia de captura y comestibilidad de su carne, que se encuentra en la parte baja de la cuenca del rio Magdalena y en la cuenca del rio San Jorge, Colombia, en donde cada vez su comercializacion cobra fuerza debido al desplazamiento y disminucion en los volumenes de captura de otras especies como el bagre rayado y bocachico. Lo cual ha llevado a la comunmente llamada pacora a catalogarse en estado de vulnerabilidad en las cuencas colombianas. Lo anterior, hace necesario la generacion de informacion que sirva de sustento a programas de conservacion y uso sostenible de la especie. Una primera aproximacion a las poblaciones de P. magdalenae puede ser hecha a traves de marcadores moleculares microsatelitales, utiles en trabajos de genetica de poblaciones, conservacion y manejo de recursos biologicos. Sin embargo, la principal dificultad de los microsatelites es que deben ser aislados de novo para aquellas especies que van a ser evaluadas por primera vez, lo que lleva a la necesidad de obtener primers para la especie. En este trabajo, inicialmente se obtuvo un ADN de buena calidad util para amplificaciones a partir de muestras de musculo colectadas en cuatro puntos de la cuenca del rio San Jorge; posteriormente, se aislaron primers microsatelitales especie-especificos para P. magdalenae mediante amplificacion cruzada con primers de otras especies de peces lejanas, entre las cuales se encuentra: Pseudoplatystoma corruscans, Pimelodella chagressi, Prochilodus argenteus y Prochilodus costatus. Para lo anterior, fue necesario modificar y estandarizar protocolos de amplificacion mediante cambios en temperatura de alineamiento y concentracion de reactivos; y por ultimo se realizo el secuenciamiento de regiones flanqueantes y motivos de repeticion en aquellos sistemas que presentaron resultados positivos, de esta forma, se disenaron primers de regiones microsatelite para la especie. De los trece sistemas evaluados, de las cuatro especies, se obtuvo amplificacion positiva de seis. Por medio de la tecnica expuesta es posible aislar de manera economica y eficiente (cerca de un 50% de resultados efectivos), regiones microsatelitales utiles para estudios posteriores en peces.