Spongospora subterranea f.sp. subterranea (Sss), agente causal de la sarna polvosa de la papa, es uno de los patogenos mas limitantes de este cultivo, al afectar el sistema radicular de las plantas y la calidad de los tuberculos. Aunque Sss es un patogeno obligado, puede permanecer latente en los suelos en forma de quistosoros. En la actualidad no existen metodos de control quimico, ni variedades comerciales con resistencia a la enfermedad. Por esto, su manejo depende fundamentalmente de la siembra de tuberculos-semilla certificados en suelos libres de quistosoros. A mediano plazo, es necesaria la generacion de materiales de papa resistentes a Sss, para lo que se requiere conocer la estructura poblacional y diversidad genetica del patogeno. En este estudio se evaluo la presencia de regiones microsatelites a partir de la pirosecuenciacion parcial del genoma de Sss, disenandose cebadores para su amplificacion. Similarmente, se obtuvieron cebadores especificos con base en secuencias del ADN mitocondrial (ADNmit), para su utilizacion como herramientas de analisis de variacion y deteccion del patogeno. Luego de las evaluaciones de especificidad y variabilidad entre cepas representantes de los tres tipos de Sss, se seleccionaron cinco pares de cebadores que amplifican microsatelites con motivos AC, TGA, TGTC, GGTC y CCGTGC, y un amplio rango de repeticiones, asi como tres pares de cebadores dirigidos al ADNmit, que generan amplicones con niveles de variacion del 4 al 9 % entre los aislamientos estudiados. Estos resultados permitiran apoyar estudios poblacionales de Sss en el contexto de los programas de mejoramiento genetico y certificacion del tuberculo-semilla