La etapa de sedimentacion del proceso de extraccion de almidon de yuca genera la mayor carga contaminante en terminos de cantidad y calidad de agua residual. En el norte del departamento del Cauca existen varios filtros anaerobios para su tratamiento, los cuales han mostrado deficiencias asociadas a factores ambientales y operacionales. La evaluacion del arranque y desempeno de un filtro anaerobio a escala real evidencio la necesidad de acondicionar quimicamente el agua residual con una dosis minima de 2180 mg NaHCO3/L y el Indice Tampon (IB) se mostro como una herramienta simple y eficiente para el control del proceso, pues permitio determinar condiciones de inestabilidad cuando su valor era superior a 0.35. En condiciones estables (TRHteorico 12 horas; TRHreal 10.2 horas), con acondicionamiento quimico e IB dentro del rango adecuado (0.20 - 0.30), el reactor alcanzo eficiencias de reduccion de DQO y SST superiores a 77 y 76% respectivamente.