Los micoplasmas son importantes patogenos en las aves por ser responsables de cuadros respiratorios que ocasionan grandes perdidas economicas a la industria avicola a nivel mundial. Existen principalmente dos especies de micoplasmas como causantes de enfermedad en aves comerciales, el Mycoplasma gallisepticum (MG) y el Mycoplasma synoviae (MS). Teniendo en cuenta su importancia y la necesidad de conocer y diferenciar la presencia de las diferentes especies de micoplasmas presentes en las explotaciones avicolas, se tomaron 91 muestras de hisopos traqueales de aves con sintomas respiratorios, provenientes de igual numero de granjas de pollo de engorde, ponedoras comerciales y reproductoras pesadas ubicadas en los departamentos de Cundinamarca y Boyaca y se determino la presencia de MG y MS por la tecnica de PCR. La prevalencia determinada fue de 39,6% para MG y 47,3% para MS, encontrandose diferencias estadisticamente significativas cuando se comparo la positividad a MG y MS y el tipo de explotacion (p Palabras claves: Mycoplasma gallisepticum, Mycoplasma synoviae, PCR ABSTRACT Mycoplasmas are worldwide pathogens that affect the poultry industry causing respiratory illness whit negative economic impact consequences. The two more important Mycoplasma species in the commercial poultry are: Mycoplasma gallisepticum (MG) and Mycoplasma synoviae (MS). Due to the importance and the need to establish their presence and differentiate between mycoplasma strains in local poultry houses this study used the PCR technique in order to accomplish that. Tracheal swabs were collected from birds showing respiratory signs. A total of 91 samples from broilers, layers and breeders farms located in the states of Cundinamarca and Boyaca were processed. The punctual prevalence founded in this study was 39,6% for MG and 47,3% for MS. Statistical differences for type of production and positive samples for MG and MS (p Keys words: Mycoplasma gallisepticum, Mycoplasma synoviae, PCR